1. Sắc ký giấy
Cơ chế phân tách của sắc ký giấy chủ yếu là phân bố, trong đó pha tĩnh (thường là nước) được thấm trên một tờ giấy thấm đặc biệt gọi là giấy sắc ký. Nhờ các xoang rỗng trong sợi cellulose của tờ giấy sắc ký khác nhau, phân biệt theo độ thấm dung môi và mức độ dày mỏng của giấy, với các mã hiệu tùy thuộc vào hãng sản xuất. Khi tiến hành sắc ký cần chọn loại giấy thích hợp.
Có 2 phương pháp triển khai sắc ký phẳng là sắc ký đi lên và sắc ký đi xuống tùy thuộc vào chiều đi của pha động. Tỷ lệ giữa khoảng cách đường đi của chất phân tích với đường đi của pha động tính từ điểm đặt chất phân tích gọi là Rf. Tỉ lệ giữa đường đi của chất phân tích với đường đi của một chất đối chiếu được gọi là Rr, so với Rf, giá trị Rr ổn định hơn nên dễ so sánh hơn. Các trị số Rf và Rr của nhiều hoạt chất quen thuộc trong dược liệu kèm theo hệ dung môi triển khai thường được ghi sẵn trong các tài liệu để tra cứu đối chiếu.
Kết quả sắc ký thu được với các vết của các chất phân tích được phân bố trên giấy sắc ký được gọi là sắc đồ. Các chất được tách ra trên sắc đồ được phát hiện và đánh giá bằng màu sắc, kích thước, hình dạng các vết hiện ra sau khi quan sát ở ánh sáng thường hoặc ánh sáng đèn tử ngoại trước và/hoặc sau khi phun ra các thuốc thử hiện màu. Để có kết luận một chất nào đó khi đối chiếu chất phân tích với chất chuẩn thường phải tiến hành trên 3 hệ dung môi khác biệt.
Trong nhiều trường hợp, để kết quả phân tách tốt hơn, người ta cần phải tiến hành sắc ký hai chiều. Muốn vậy, trên một tờ giấy vuông (60 x 60cm hoặc 40 x 40cm) người ta chấm dung dịch cần phân tích ở góc cáhc mép tờ giấy 4 – 6cm. Sau khi triển khai lần thứ nhất với một hệ dung môi thì chuyển tờ giấy đó sang một buồng sắc ký thứ hai, quay tờ giấy một góc 90o và triển khai lần hai với dung môi thứ hai. Sau khi hiện màu, các vết sẽ phân bố trên mặt phẳng chứ không phải trên một đường thẳng.
Sắc ký giấy là 1 phương pháp sắc ký phân bố pha thuận, áp dụng tốt cho các chất phân cực từ trung bình tới mạnh như các glycosid, các hợp chất polyphenol, các acid hữu cơ phân tử nhỏ, acid amin, các monosaccharid và oligosaccharid…Ngoài
việc phân tích thành phần của hỗn hợp, sắc ký giấy cũng có thể dùng để diều chế một lượng nhỏ các chất bằng cách chấm mẫu thử thành các băng. Sau khi triển khai, cắt các băng chất được tách ra rồi phản hấp phụ bằng dung môi thích hợp. Lặp lại nhiều lần thì có thể thu được lượng chất tinh khiết cần thiết.
Do khả năng phân tách hạn chế, việc thực hiện tốn nhiều thời gian nên hiện nay phương pháp này có tính ứng dụng hạn chế và được thay thế bằng sắc ký lớp mỏng, sắc ký lớp mỏng pha đảo hay sắc ký lỏng cao áp.