Phần lớn những bệnh nấm toàn thân hoặc hệ thống là do nhiễm những loài nấm bình thường không sinh bệnh trừ phi hệ thống phòng vệ của người nhiễm nấm bị suy giảm (nhiễm nấm cơ hội). Nói chung, khi phát hiện được những vi sinh vật này trong đờm, trong dịch chọc hút ra từ hạch bạch huyết, từ tuỷ xương, trong nước tiểu, hoặc trong máu thì có thể khẳng định chẩn đoán. Tuy nhiên, vì các vi sinh vật này có thể chỉ là sinh vật hoại sinh thường xuyên, nên vẫn cần làm sinh thiết để phát hiện thấy chúng xâm nhập vào các mô và xem xét những biến đổi mô học đặc hiệu do chúng gây ra. Các test huyết thanh học và phản ứng bì không phải bao giờ cũng dương tính hoặc chỉ dương tính trong giai đoạn muộn. Trong đa số trường hợp, chẩn đoán bệnh nấm tiến triển không những phải dựa vào kết quả phân lập nấm gây bệnh, mà còn phải dựa vào những dấu hiệu lâm sàng, nhất là triệu chứng sốt, và cả vào những xét nghiệm cận lâm sàng khác cho thấy có tăng bạch cầu, tăng tốc độ
lắng hồng cầu, và tăng nồng độ các globulin huyết thanh v..v…Nếu phát hiện thấy kháng nguyên của nấm ở trong máu, thì chẩn đoán sẽ sớm, đặc biệt là ở những bệnh nhân bị suy giảm miễn dịch.